转化细胞早期分化中去抑制的基因

转化细胞是一种高度未分化细胞。它具有发育的多能性, 能分化出成体动物的所有组织和器官, 包括生殖细胞。Oct4、 Nanog、Sox2等多能性相关转录因子通过自调节或反馈调节等方式调控胚胎干细胞的自我更新和分化。2008年, Chen等用ChIP-Seq检测了Nanog、Oct4、STAT3、Smad1和Sox2等13个序列特异性的转录因子与基因组DNA的结合情况。这些转录因子都是LIF和BMP途径的重要调控分子, 发现有些位点是几个转录因子结合共同起调节作用, 如Nanog、 Sox2、Oct4、Smad1和STAT3共同组成胚胎干细胞增强体(ES-cell-specific enhanceosomes)。Ouyang等利用ChIP-Seq技术研究小鼠胚胎干细胞, 发现大约有65%的基因表达是由12个转录因子调控的。他们鉴定了两组转录因子。其中*组(E2f1、Myc、 Mycn和Zfx)通常作为激活剂起作用, 第二组(Oct4、 Nanog、Sox2、Smad1、Stat3、Tcfcp2l1、Esrrb)可能依赖于靶点不同或作为激活剂, 或作为抑制剂。这两组转录因子紧密协作, 激活胚胎干细胞中差异化上调的基因。在缺乏*组转录因子结合时, 第二组转录因子结合胚胎干细胞中被抑制的基因及早期分化中去抑制的基因。zui近, Li等证实组蛋白乙酰转移酶Mof在维持胚胎干细胞自我更新和多能性中发挥了至关重要的作用。Mof缺失导致胚胎干细胞失去特征性形态、碱性磷酸酶(AP)染色和分化潜能。这些细胞的核心转录因子Nanog、Oct4 和Sox2表达异常, 当Nanog过表达时可部分抑制无Mof的胚胎干细胞的表型, 说明胚胎干细胞中Mof是 Nanog的上游调控因子。他们利用ChIP-Seq进一步证实了Mof是ESC核心转录网络的一个必需元件, 主导了不同发育程序的基因。此外, Mof也在关键调控位点中招募Wdr5和H3K4甲基化中起重要作用, 从而突显了胚胎干细胞中各种染色质调控因子的复杂的网络调控。

ChIP-Seq在肝脏转录因子调控中的研究

肝脏是一个以代谢功能为主的器官, 并扮演着去氧化、储存肝糖、合成分泌性蛋白质等角色。同时, 肝脏也消化系统中的胆汁。Foxa2等转录因子在肝脏发育和代谢过程中起着重要作用。Wederell 等研究成年小鼠肝脏组织中转录因子Foxa2结合位点, 一共识别了11000个位点, 其中43.5%的肝脏表达基因含有相关的Foxa2结合位点。Schmidt等利用ChIP-Seq技术研究多种脊椎动物肝脏中表达的两个转录因子CEBPA和HNF4A, 虽然两个转录因子都有高度保守的DNA结合结构域, 绝大多数情况下表现出种属特异性。 Bochkis等通过ChIPSeq全基因组定位分析高度同源的转录因子Foxa1和 Foxa2, 发现虽然Foxa1和Foxa2肝脏中的结合位点大部分重叠, 在体内它们各自还有跟其他调控元件结合。Foxa1和p53共同结合位点附近的基因经常在细胞周期调控中起到重要作用。Foxa2*结合位点附近的基因与类固醇和脂质代谢相关。因此, Foxa1 和Foxa2在成体的肝脏中展示出不同的角色, 确保这两个基因在进化过程中的重要性。肝脏的发育经历了一系列内胚层和中胚层之间复杂的相互作用, 在我们先期的研究中应用ChIP-Seq技术发现了Foxa2 在DE转化细胞全基因组中的结合位点 , 并在全基因组的水平上证明Foxa2具有先锋因子的作用, 且Foxa2 对特异靶基因的作用是通过修饰靶基因promoter/ enhancer片段中的H3K4me2组蛋白位点实现。在肝向分化研究中我们发现个别新的肝向基因的promoter/enhancer片段上找到GATA4与Foxa2相互作用的新证据。
37321-62-3         丙二醇单月桂酸酯II型标准品    500mg
359-83-1     Pentazocine CIV    喷他佐辛标准品    500mg
35607-66-0    Cefoxitin    头孢西丁标准品    500mg
3546-41-6     Pyrvinium Pamoate     双羟萘酸扑蛲宁标准品    500mg
3387-36-8    Disodium 5-Uridylate    尿苷酸二钠标准品    500mg
33754-49-3     Zolazepam Hydrochloride    盐酸唑拉西泮标准品    500mg
31884-77-2     Meclizine Hydrochloride     盐酸美克洛嗪标准品    500mg
31112-62-6     Metrizamide     甲泛葡胺标准品    500mg
转化细胞